Pouvons-nous \u00e9valuer R0<\/strong> et son \u00e9volution actuelle \u00e0 partir des donn\u00e9es disponibles ?<\/p>\n\n\n\n Les autorit\u00e9s publient en continu quatre indicateurs cl\u00e9s sur la maladie :<\/p>\n\n\n\n Ces donn\u00e9es sont publi\u00e9es par Sant\u00e9 publique France ici : https:\/\/www.santepubliquefrance.fr\/maladies-et-traumatismes\/maladies-et-infections-respiratoires\/infection-a-coronavirus\/articles\/infection-au-nouveau-coronavirus-sars-cov-2-covid-19-france-et-monde<\/a><\/p>\n\n\n\n Un site priv\u00e9 reprend les chiffres officiels et les mets dans une forme accessible ici : https:\/\/www.bilancoronavirus.fr\/statistiques\/<\/a><\/p>\n\n\n\n On notera au passage que ce site recueille aussi des donn\u00e9es tr\u00e8s pr\u00e9cises sur d\u2019autres pays, \u00e0 partir des donn\u00e9es officielles nationales. De nombreux m\u00e9dias utilisent les donn\u00e9es de l\u2019universit\u00e9 John Hopkins https:\/\/github.com\/CSSEGISandData\/COVID-19<\/a> . Les donn\u00e9es du site data.gouv.fr pour l\u2019\u00e9tranger (https:\/\/www.data.gouv.fr\/fr\/datasets\/Covid619-world-data-published-by-john-hopkins-csse\/<\/a> ) ou celles des cartes du Monde en sont issues. https:\/\/www.lemonde.fr\/les-decodeurs\/article\/2020\/05\/05\/coronavirus-age-mortalite-departements-pays-suivez-l-evolution-de-l-epidemie-en-cartes-et-graphiques_6038751_4355770.html<\/a><\/p>\n\n\n\n Plus visuellement, un journaliste de Lib\u00e9ration, Luc Peillon, publie presque tous les soirs sur twitter des graphiques qui montrent l\u2019\u00e9volution de la maladie https:\/\/twitter.com\/l_peillon<\/a><\/p>\n\n\n\n Une question se pose pour le choix des d\u00e9c\u00e8s \u00e0 prendre en compte : les seuls d\u00e9c\u00e8s \u00e0 l\u2019h\u00f4pital ou ceux int\u00e9grant les Ehpad et autres \u00e9tablissements m\u00e9dico sociaux ? Le premier \u00e0 l\u2019avantage d\u2019\u00eatre probablement plus fiable et d\u2019avoir \u00e9t\u00e9 mesur\u00e9 de mani\u00e8re continue depuis le d\u00e9but de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie.<\/p>\n\n\n\n Par ailleurs, Sant\u00e9 Publique France publie de mani\u00e8re hebdomadaire un point \u00e9pid\u00e9miologique o\u00f9 on trouve d\u2019autres indicateurs : Nombre d\u2019actes SOS M\u00e9decins pour suspicion de COVID-19, Nombre de passages aux urgences pour suspicion de COVID-19, Nombre de nouvelles hospitalisations de patients COVID-19, Taux de positivit\u00e9 des pr\u00e9l\u00e8vements en laboratoires hospitaliers, Taux de positivit\u00e9 des pr\u00e9l\u00e8vements de ville (3 Labo), Nombre de d\u00e9c\u00e8s li\u00e9s au COVID-19 (incluant les d\u00e9c\u00e8s en hospitalisation et d\u00e9c\u00e8s en EHPA et autres EMS) https:\/\/www.santepubliquefrance.fr\/maladies-et-traumatismes\/maladies-et-infections-respiratoires\/infection-a-coronavirus\/documents\/bulletin-national\/covid-19-point-epidemiologique-du-14-mai-2020<\/a> les deux premier indicateurs pourraient \u00e9galement \u00eatre utilis\u00e9s pour une estimation de R0 .<\/p>\n\n\n\n Comment estimer R0 \u00e0 partir d\u2019une donn\u00e9e D (par exemple les hospitalisations) ?<\/p>\n\n\n\n Quelques jours plus t\u00f4t, mais combien? Il semble que la valeur de 7 jours fasse sens pour cette maladie au regard du temps d\u2019incubation. C\u2019est donc cette valeur qui sera prise ci-dessous. Voil\u00e0 le r\u00e9sultat obtenu au 14 mai si on prend comme indicateur le nombre d\u2019entr\u00e9e en soins intensifs (ou r\u00e9animation).<\/p>\n\n\n\n Avec un autre indicateur, celui des entr\u00e9es \u00e0 l\u2019h\u00f4pital, le r\u00e9sultat est un peu diff\u00e9rent :<\/p>\n\n\n\n Calcul \u00e0 partir des d\u00e9c\u00e8s :<\/p>\n\n\n\n M\u00eame calcul mais sur une p\u00e9riode plus longue :<\/p>\n\n\n\n Le calcul n\u2019a pas \u00e9t\u00e9 fait sur les cas reconnus, pour un probl\u00e8me de recueil de donn\u00e9es<\/p>\n\n\n\n On observe que la part des hospitalis\u00e9s qui sont en soins intensifs a progressivement diminu\u00e9, passant de 22 % d\u00e9but avril \u00e0 12 % au 12 mai(et m\u00eame moins de 10 % au 19 mai, ce qui explique que le R0 calcul\u00e9 sur les entr\u00e9es en soins intensifs soit plus faible que celui calcul\u00e9 avec les hospitalisations. Les trois calculs donnent une valeur de R qui se situe entre 0,6 et 0,8, avec une tendance \u00e0 l\u00e9g\u00e8re hausse en fin de p\u00e9riode. Quel que soit l\u2019indicateur choisi pour le calcul, l\u2019impact de la sortie du confinement ne devrait pas \u00eatre visible avant au moins le 21 mai et plus probablement le 25. Tout l\u2019enjeu est qu\u2019il reste inf\u00e9rieur \u00e0 1. Cela d\u00e9pendra bien sur du respect des gestes barri\u00e8res par la population mais aussi de l\u2019efficacit\u00e9 de la recherche des \u00e9ventuels contamin\u00e9s par un nouveau malade (cas contacts)<\/p>\n\n\n\n Dans un communiqu\u00e9 du 7 mai, Sant\u00e9 Publique France signale la mise en place de nouveaux indicateurs pour la p\u00e9riode qui commence le 11 mai <\/a>: taux de positivit\u00e9 des tests pratiqu\u00e9s, nombre de tests pratiqu\u00e9s rapport\u00e9s \u00e0 la population et nombre de tests positifs rapport\u00e9s \u00e0 la population.<\/p>\n\n\n\n Pour suivre l’actualit\u00e9 du sujet : https:\/\/<\/a>www.data.gouv.fr<\/a>\/fr\/<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" 1) La R0 (la vitesse de propagation) du Coronavirus de la Covid-19 doit rester en dessous de 1 Cela est dit et r\u00e9p\u00e9t\u00e9 : le taux de propagation de la COVID-19 repr\u00e9sente le nombre moyen de personnes qu\u2019un porteur du virus contamine. En f\u00e9vrier et mars, il \u00e9tait largement sup\u00e9rieur \u00e0…<\/p>\n","protected":false},"author":11,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"om_disable_all_campaigns":false,"_monsterinsights_skip_tracking":false,"_monsterinsights_sitenote_active":false,"_monsterinsights_sitenote_note":"","_monsterinsights_sitenote_category":0,"_uf_show_specific_survey":0,"_uf_disable_surveys":false,"footnotes":""},"categories":[53],"tags":[117,107],"class_list":["post-674","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-analyses","tag-deconfinement","tag-sante","entry","simple"],"yoast_head":"\n2) Les donn\u00e9es <\/h2>\n\n\n\n
3) Estimation de R0<\/h2>\n\n\n\n
Il faut cependant souligner que le choix de l\u2019intervalle impacte directement la valeur que l\u2019on va trouver.
Par exemple, si pour un intervalle de 7 jours (soit R0 = D(j)\/ D(j-7)) on a R= 0,6, alors pour un intervalle double de quatorze jours, R0 sera \u00e9gal \u00e0 0,6*0,6 = 0,36.
Cependant, l\u2019intervalle choisi n\u2019aura pas d\u2019impact sur le fait que R0 soit en dessous ou au-dessus de 1 (parce que 1 est l\u2019\u00e9l\u00e9ment neutre de la multiplication), ce qui est la question majeure<\/p>\n\n\n\n4) Les r\u00e9sultats<\/h2>\n\n\n\n
![\"\"](\"http:\/\/sceaux-lagazette.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/05\/RELECTURE-FN-ARTICLE-GC-SUR-R0-graph-1.png\")
<\/figure>\n\n\n\n![\"\"](\"http:\/\/sceaux-lagazette.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/05\/RELECTURE-FN-ARTICLE-GB-SUR-R0-graph-2.png\")
<\/figure>\n\n\n\n![\"\"](\"http:\/\/sceaux-lagazette.fr\/wp-content\/uploads\/2020\/05\/RELECTURE-FN-ARTICLE-GB-SUR-R0-graph-3.png\")
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<\/figure>\n\n\n\n4) Interpr\u00e9tation<\/h2>\n\n\n\n
Une explication possible serait l\u2019\u00e9volution des capacit\u00e9s d\u2019accueil des h\u00f4pitaux sur la p\u00e9riode. Le fait que ce ph\u00e9nom\u00e8ne soit ind\u00e9pendant des r\u00e9gions (que celles-ci soient en zone verte ou rouge) conduit \u00e0 \u00e9carter cette hypoth\u00e8se. Faut-il voir une \u00e9volution des pratiques li\u00e9e \u00e0 l\u2019exp\u00e9rience ?<\/p>\n\n\n\n
On peut calculer le ratio R0 pour la derni\u00e8re semaine \u00e0 partir des donn\u00e9es du point hebdomadaire de Sant\u00e9 Publique France:
> Nombre d\u2019actes de SOS m\u00e9decins pour suspicion de Covid-19 : R0= 0,91
> Nombre de passages aux urgences pour suspicion de Covid-19 : R0 = 0,81
Ces deux indicateurs sont conformes \u00e0 une augmentation r\u00e9cente de R0, mais les points hebdomadaires ne sont momentan\u00e9ment pas accessibles sur le site<\/p>\n\n\n\nConclusion et perspectives<\/h2>\n\n\n\n